『戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー』から数百年後の未来、サイバトロンとデストロン、そしてユニクロンの三つ巴の戦争（グレートウォー）が終結したセイバートロン星では、両者が共存し平和と繁栄の時代を築いていた。
しかし、サイバトロンが極秘に保管していたエネルゴンの源泉が記録されているゴールデンディスクを、初代メガトロンの後継者を自称するメガトロンとその部下が強奪、エネルゴンを狙い外宇宙へと逃亡してしまう。
数ある追撃艦の中、唯一彼らに追いつくことができたサイバトロンの探査船「アクサロン」の乗組員達は、本来の任務を中断、メガトロンのデストロン戦闘艦「テラクラッシャー」が使うトランスワープの痕跡を辿りながら追跡、ワープアウト直後のある惑星の衛星軌道上で交戦するが、双方深刻なダメージを受けた上、惑星の重力圏に捕まり、墜落していった。
アクサロン艦長コンボイの判断により探査船のプロトフォーム（素体）状の乗組員を衛星軌道上に放出。
船内の乗組員達も全員無事ではあったが、船は飛行能力を失い、惑星外へ一切の通信手段を失ってしまう。
さらにこの惑星はエネルゴンの影響が強くロボットモードでは負担が大きすぎる為、惑星の生物をスキャンした上で環境に合わせた、動物への変身体（ビーストモード）を余儀なくされる。
その後、探索に出掛けたコンボイ達は同様の理由でビーストモードと化したメガトロン一味と遭遇する。
コンボイは話し合いで解決しようとするが、エネルゴンの源泉を前にしたメガトロンが当然聞き入れるわけはなく、両者はそのまま戦闘に突入、しかし5対4という数の差の上に、仲間達が好き勝手に戦い、全く連携が取れていない状況では勝てる見込みはなく、コンボイは負傷、そのまま撤退する。
だがアクサロンを目前にした所で、デストロンを追放されたダイノボットがサイバトロンの司令官の座を賭けて、コンボイに戦いを挑んで来る。
両者は互角の戦いを展開するも、まとめて葬らんとするデストロンの奇襲で対決は有耶無耶のうちに終わり、コンボイは仲間達の反対を押し切りダイノボットをサイバトロンの一員に迎える。
元デストロンのダイノボットを加えたサイバトロンは、エネルゴン鉱山でデストロンとの5対5のビーストモードでの総力戦が始まる。
ダイノボットの加勢もあり、デストロンの撃退に成功するが、メガトロンは未だ健在で野放しにすることができなかった。
コンボイはこの未開と未知の惑星に留まることを決意する。
ここにサイバトロンとデストロンによるビーストウォーズが始まった。